Os polifosfatos contêm vários átomos de fosforo conectados entre si através de uma ponte de oxigênio. O polímero inorgânico de fosfato geralmente contém entre 3 e 15 unidades. Os polifosfatos contêm átomos de oxigênio com carga negativa que atraem cátions com carga positiva, como cálcio, ferro etc. Essa atração pode sequestrar (combinar) de maneira eficaz os cátions, formando um complexo que interfere na formação de depósitos. Uma concentração limite precisa ser atingida para os polifosfatos conseguirem evitar a incrustação de carbonato de cálcio em concentrações com níveis de supersaturação baixos. Da mesma maneira, o polifosfato se combina com o ferro e o manganês para evitar manchas vermelhas e pretas, respectivamente. A eficácia do polifosfato está limitada pela reversão a ortofosfato em determinadas condições operacionais.